总结其污染物性质主要包括无机污染、有机污染及生物污染。不同污染物在系统中的表现各不同无机污染在系统中主要是一个浓缩过程，当浓度达到非稳定区间时，逐渐形成晶核并开始晶体的生长，从而增加了膜表面的盐浓度并堵塞给浓水流道有机物在系统中主要是一个浓缩、沉积及积累过程，甚至形成滤饼层、从而降低了膜表面的盐浓度并堵塞给浓水流道生物污染在系统中主要是速度不等的微生物生长与繁殖过程。
难溶无机盐浓度只有在过饱和的非稳定区内产生沉淀污染，是决定系统极限收率的主要因素、投加阻垢剂可使无机污染物的稳定区扩大，进而减少无机污染并提高极限收率。反渗透膜对于大于100Da分子质量有机物的脱除率几近100%，对于小于100Da分子质量有机物的脱除率较低，与膜表面持相反电荷的有机物还存在吸附现象。被膜吸附的有机物属于典型的深度膜污染，而被截留的有机物将可能在膜表面形成污染。未被预处理工艺截留的有机物进入膜系统后，少数会附着在膜表面与浓水隔网之上，多数会随浓水排出系统。因此，除了及时有效地进行系统清洗之外，保持系统沿程各位置上的合理浓差极化度及错流量，成为抑制有机与无机污染的重要措施。
微生物中的细菌粒径为1～3μm，病毒粒径为0.2～0.0lμm，带负电荷。细菌又分为无机营养型的滋养菌与有机营养型的异养菌异养菌是反渗透膜系统中的主要细菌类型，能够从周围流经的水中获取TOC及COD等营养物质而滋生繁衍。微生物污染不仅是一个累计过程，更是一个繁殖过程，于适宜环境之下，微生物在20～30min内即可翻倍繁殖。微生物的生存多以生物黏膜形式存在，并牢固地附着在膜表面及浓水隔网表面，并于其上繁衍。生物膜的黏附力很强，可保护微生物免受水流剪切力的作用，因其难于清洗，故应以预防为主。
膜系统中的污染还包括铁、锰及二氧化硅结垢等污染，而这些污染并无特定药剂加以防止，只有依靠在预处理过程中将相关污染物加以去除。对于已经形成的污染，只有依靠有效清洗加以去除。
预处理系统中残留的絮凝剂与膜系统中投加的阻垢剂分别对前后工艺系统的运行起着重要作用．但预处理工艺中残留的聚合阳离子絮凝剂如与膜工艺中投加的聚合有机阻垢剂相遇时，将产生药剂污染会使膜系统前端产生严重的胶体沉淀。
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